Группа была основана Билли Хаурделом — гитарным техником, работавшим с Nine Inch Nails, The Smashing Pumpkins, Fishbone, Guns N' Roses и Tool. Мэйнард Джеймс Кинэн, вокалист Tool, услышав демо записи Билли, сказал что, в случае, если тот создаст группу, то он готов стать их вокалистом. Хаурдел после кое-каких колебаний согласился, несмотря на то, что поначалу думал чтобы в группе был женский вокал. Также к ним присоединились басистка и скрипачка Пэз Леншантин (Paz Lenchantin), гитарист Трой ван Льюен (Troy Van Leeuwen), прежде игравший в Failure и барабанщик Тим Александр (Tim Alexander) из Primus.

После партии репетиций и выступлений на разогреве у других групп, APC начинают писать студийный альбом «Mer de Noms» (фр. Море имен). Тим Александр вскоре был заменён Джошем Фрисом из The Vandals, тем не менее в песне «The Hollow» все ещё можно ощутить игру Тима. После окончания альбома, группа принимает участие в нескольких турах в США и Канаде.

К записи второго альбома A Perfect Circle готовились уже без 2-х своих музыкантов: Пэз Леншантин и Троя ван Льюена. Пэз присоединилась к группе Zwan, а Трой — к Queens of the Stone Age. Тем не менее Леншантин к тому времени записала почти все партии для бас-гитары для нового альбома. На место покинувших группу музыкантов были заняты Джорди Уайт (Jeordie White) (также известный как Твигги Рамирез), бывший басист Мэрилин Мэнсона, и гитарист Дэнни Лонер (Danny Lohner). Тем не менее, Лонер не подошёл группе как 2-й гитарист, и на новом альбоме его можно услышать только в песне «The Noose». Место Дэнни Лонера занял Джеймс Иха (James Iha) из The Smashing Pumpkins.

Записав 2-й альбом «Thirteenth step» 16 сентября 2003 г, группа провела остаток года в турах по Северной Америке, Европе и Японии. В 2004 APC продолжили туры по Австралии, Японии, Новой Зеландии и Европе, завершив тур в весеннее время выступлениями в США.

Третий альбом «eMOTIVe» был внесен 2 ноября 2004 г и включает каверы на антивоенные песни таких музыкантов, как Джон Леннон и Джони Митчелл.

16 ноября 2004 г, выпустила DVD-и-CD-сэт названный «aMOTION». На нём представлены раньше не издававшиеся видеоклипы а также b-sides и ремиксы. Режиссёром клипа к песне Judith (2000) был Дэвид Финчер.